miércoles, 8 de julio de 2009

Dime de qué te alimentas...

Cuando estábamos en el colegio a todos nos enseñaron que las plantas obtenían su alimento a través de la fotosíntesis y los animales de la comida. A éstos últimos, a su vez, los clasificaban en carnívoros, herbívoros y omnívoros, y quizás en algún caso el profesor incluyera frugívoros, piscívoros o hematófagos. Sin embargo, como siempre, las cosas no son tan sencillas como las enseñan en el colegio.

En primer lugar, sea cual fuera el animal, al fin y al cabo, se alimenta de otros tejidos vivos y, por tanto, de materia orgánica, siendo la glucosa el combustible. Las plantas, por su parte, crea glucosa (materia orgánica) a partir de CO2 y agua, es decir, de materia inorgánica, empleando la luz como fuente de energía. Pues la cosa no es siempre así de fácil.

En el mundo microbiano las posibilidades son enormes. Así podemos clasificar los organismos según:


Fuente de Energía: como se origina la energía que mueve las reacciones bioquímicas de la célula (ATP y compañía).

Luz --> Fotótrofos
Compuestos químicos (orgánicos o inorgánicos) --> Quimiótrofos


Fuente de Carbono: orígen de la materia que constituye el cuerpo del individuo.

CO2 u otros compuestos de un sólo carbono (metano, metanol,...) --> Autótrofos
Compuestos orgánicos --> Heterótrofos


Fuente de Poder Reductor: origen y naturaleza de las sustancias empleadas como fuente de electrones en las reacciones redox de la célula.

Compuestos orgánicos --> Organótrofos
Compuestos inorgánicos --> Litótrofos


Así, nosotros, en general, los animales, seríamos seres quimioorganoheterótrofos (toma insulto, jeje). Quimio porque empleamos la oxidación de compuestos orgánicos reducidos para producir energía; organo, porque empleamos NADH o NADPH como fuente de electrones; y, hetero, porque incorporamos el carbono en forma de compuestos orgánicos más o menos complejos.

Por su parte, las plantas son fotoautoorganótrofas. Obtienen la energía a partir de la luz; emplean NADH o NADPH como fuente de electrones; y, fijan CO2 para incorporar el carbono a sus cuerpos.

Leptospirillum ferrooxidans, una bacteria acidófila oxidadora del hierro, fija CO2, su fuente de electrones es el Fe2+ y la energía procede de la oxidación del Fe2+. En resumen, quimiolitoautótrofo.

Pero las capacidades metabólicas de los microorganismos van más allá y el género Rhodobacter es el mejor ejemplo de ello. Puede realizar fotoheterotrofía, fotoorganotrofía y quimioorganotrofía, y eso sin entrar en los tipos de quimioorganotrofía, que dejaré para otra ocasión.

lunes, 6 de julio de 2009

Producción Biológica de Hidrógeno I

Uno de los principales problemas económicos y medioambientales a los que se enfrenta la sociedad actual es el crecimiento exponencial de la demanda energética mundial. Actualmente, del 80% a más del 90% del aprovisionamiento energético se basa en combustibles fósiles pero las reservas se agotan y su quema libera importantes contaminantes al medio: COx, NOx, SOx, hollín, cenizas, gotas de alquitrán y otros compuestos orgánicos.

De momento no existe una alternativa viable que pueda desplazar a los combustibles fósiles debido a la variedad y extensión de sus usos. Sin embargo, el encarecimiento progresivo del petróleo y la creciente preocupación por el medio ambiente han provocado que especialmente durante década pasada, se aumentaran notablemente las investigaciones destinadas a buscar alternativas limpias, sostenibles y suficientemente versátiles como para desterrar a los combustibles fósiles como base de la economía mundial.

El hidrógeno se ha propuesto como la alternativa más limpia y eficiente hasta el momento. Cerca de las tres cuartas partes de la materia del universo es hidrógeno, sin embargo, este gas es poco abundante como tal en nuestro planeta y se encuentra principalmente formando parte de compuestos con oxígeno, carbono, nitrógeno,…

Actualmente, el hidrógeno es empleado en numerosos procesos industriales, desde la metalurgia a la industria alimentaria (para más detalles ver tabla) pero su producción sigue siendo demasiado costosa y dependiente en gran parte, de combustibles fósiles. Cerca del 90% del hidrógeno se produce por reacciones de gas natural o fracciones ligeras de petróleo con vapor a altas temperaturas. La gasificación del carbón y la electrólisis son otros métodos de obtención de hidrógeno bastante frecuentes. Sin embargo, ya sea por procesos termoquímicos o electroquímicos, la producción de hidrógeno precisa de un intensivo aporte energético y no siempre respetuosos con el medio ambiente.

Por tanto, aparte de los sistemas de aprovechamiento energético y de almacenamiento de hidrógeno, uno de los puntos vitales a solucionar antes de plantearse de manera realmente seria el establecer una economía basada en el hidrógeno, es el de producir este elemento de una forma más eficaz, económica y sostenible.


Aplicaciones Comerciales del Hidrógeno

domingo, 5 de julio de 2009

Amateur Surgeon

¿Quién no ha visto alguna vez en una película realizar una traqueotomía con una navaja y el canutillo de un bolígrafo?

Amateur Surgeon, va más allá. Un cortapizzas, una grapadora o una batería de coche serán algunos de los peculiares útiles de "quirófano", con los que operaréis a gente de lo más pintoresca.

Por supuesto, otro de estos peculiares juegos flash gratuitos. Lo podéis encontrar aquí.

Y como todo buen juego existe un especial de Navidad: Amateur Surgeon: Christmas Edition. Mismo funcionamiento aunque con distintas herramientas y pacientes. Link.

lunes, 29 de junio de 2009

Biology vs Chemistry

Hay que ver a lo que llegan las rivalidades... os dejo con una animación de una pelea rollo Dragon Ball/X-Men... muy bueno.

EDIT: como la animación se carga automáticamente y ralentiza la página, mejor dejo el link.

Microbe Kombat



"Comer y no ser comido", así podríamos definir el sistema de juego de Microbe Kombat.

En esta ocasión seremos un protozoo ciliado cuyo único objetivo será comer proteínas mientras evita ser comido por otros protistas y crecer para comerse a la competencia. Contaremos con una serie de habilidades como mitosis, apoptosis o la creación de una espícula temporal con la que lisar a los enemigos.

En los niveles avanzados también deberemos evitar los virus, que nos infectarán tanto a nosotros como a los enemigos y que provocaran la lisis de una forma un tanto aleatoria.

Microbe Kombat es flash y gratuito. Podéis jugar en la web del creador.

Bacteria Tower Defense

Después de mis aventuras por tierras australes reabro el blog con un jueguecito "Biofriki".

Bacteria Tower Defense es un juego flash gratuito de estrategia tipo tower defense, valga la redundancia. Tal como indica, en este tipo de juegos se trata de defender una posición construyendo torres que disparan de forma automática a los enemigos.

Lo peculiar de este juego no es el sistema de juego en sí, pues no difiere mucho de otros del estilo, sino que las torres son antibióticos y los enemigos son bacterias reales. Tal es así, que en nuestra estrategia tendremos que considerar aparte de la eficacia (fuerza de disparo) de los antibióticos, su eficacia contra Gram +, Gram - y Anaerobios.

Podéis jugar al mismo aquí. Os dejo con un video demo.

lunes, 8 de septiembre de 2008

It's called epMotion

Por diversos motivos hace mucho que no publico una entrada pero es que este anuncio de los de Eppendorf. Imaginaos a los NSYNC o los BackStreetBoys anunciando pipeteadores... jajaja las risas...




Además puedes descargar la canción en mp3, la letra y hasta tonos para el móvil aquí.

martes, 27 de mayo de 2008

Proyecto MARVELS



No, no os asustéis, no tiene nada que ver con Lobezno o con Magneto. Este es el nombre con el que se denominará a un proyecto que empezará en otoño (hemisferio Norte) cuya finalidad es la búsqueda masiva de planetas extrasolares. Las siglas corresponden a Multi-object Apache Point Observatory Radial Velocity Exoplanet Large-area Survey, o lo que es lo mismo, Sondeo multi-objeto de gran área de planetas exteriores por velocidad radial en el Observatorio Apache Point.


Hasta la fecha, se han sondeado en torno a 3000 estrellas en busca de planetas extrasolares, encontrándose unos 280. El proyecto pretende sondear 11000 estrellas más en 6 años y encontrar al menos 150 planetas más y casi seguro que serán muchos más.


Una teoría propone que estrellas ricas en elementos pesados como oxígeno, silicio y níquel pueden ser más propensas a tener planetas similares a Júpiter. MARVELS centrará en la búsqueda de estos gigantes gaseosos.


Estos planetas gigantes provocan alteraciones gravitacionales a la estrella que orbitan debido a su enorme masa, de forma que causa un efecto de vaivén sobre la estrella, que provoca efecto Doppler. Esto se detectará gracias a interferómetros de alta sensibilidad.


Pero MARVELS no sólo buscará planetas. Los datos recopilados ayudarán a conocer mejor el proceso de formación de planetas, poder generalizar sobre el tipo de estrellas que albergan gigantes gaseosos o con qué frecuencia estos enormes planetas

jueves, 15 de mayo de 2008

Fold it! Diviértete ayudando a la ciencia


Ayer, navegando por la red me encontré con un proyecto que aúna diversión (si te gustan los juegos tipo puzzle) y la investigación en el plegamiento de proteínas. Obviamente a más de uno le chocará esta asociación... Se trata del juego Fold it!

En biología y bioquímica uno de los grandes retos que se afrontan hoy día, es como predecir el plegamiento de las proteínas. A diferencia de otros polímeros orgánicos naturales (polisacáridos, ácidos nucleicos,...) o artificiales (plásticos) las proteínas presentan un gran número de unidades fundamentales distintas denominadas aminoácidos. Tal como su nombre indica, un aminoácido no es más que un carbono unido a un radical amino (-NH2), uno ácido (grupo carboxilo, -COOH), un hidrógeno y una cadena lateral R específica de cada aminoácido. Estos son en sentido estricto, los denominados α-aminoácidos. A pesar de la enorme variedad de compuestos que esto supone, las proteínas de todos los seres vivos están compuestas básicamente de 20 aminoácidos que se encuentran codificados en todos los genomas. Lo de básicamente se refiere a que ciertos aminoácidos dentro de las proteínas en ocasiones puntuales no se corresponden con la codificación típica del DNA: la selenocisteína se añade en ocasiones, de la mano del codón UGA que normalmente provocaría una parada en la traducción y, la pirrolisina se ha encontrado en Archaea metanógenas, de manera alternativa al codón de parada UAG.

Por otro lado tenemos la diferente naturaleza de tales aminoácidos: unos son hidrofílicos mientras otros son hidrofóbicos, unos poseen cadenas R ionizables y otros las poseen neutras, unos son de carácter ácido y otro de carácter alcalino. Incluso algunas pueden crear puentes disulfuro entre sí... La cosa se va complicando...

Y por último, las estructuras de las que se tiene información es por deducción a partir de la estructura cristalina de unas pocas proteínas que se han podido cristalizar, pertenecientes a termófilos extremos, especialmente Thermus aquaticus. Pero aunque estos son modelos y sirven para predecir el comportamiento de diferentes dominios polipeptídicos, encontrar la estructura tridimensional de la proteína (estructura terciaria) es mucho más complejo.

Actualmente, el problema de la predicción de la estructura de proteínas puede resumirse en cuatro puntos:

  • Algunas proteínas necesitan una estabilización por ciertos dominios adicionales o "compañeros de unión" para adoptar su estructura nativa. Este requisito normalmente es desconocido previamente y dificulta el manejo de un método de predicción.

  • La estructura terciaria de una proteína nativa puede no ser fácilmente adquirida sin la ayuda de agentes adicionales. Por ejemplo, las chaperonas son requeridas por algunas proteínas para su plegamiento correcto. Otras proteínas no se pliegan correctamente sin modificaciones como la glicosilación.

  • Una proteína puede ser capaz de adquirir múltiples conformaciones dependiendo de las características químicas del medio.

  • La conformación biológicamente activa puede no ser la más favorable termodinámicamente.
Y ya no hablemos de complejos multiméricos...

Se necesitan superordenadores trabajando día y noche o, lo que es cada vez más frecuente en procesos de informática aplicada, sistemas de computación distribuida.

Posiblemente a muchos lo de computación distribuida les suene a chino pero si les nombro el proyecto SETI@Home. De forma resumida, usas tu ordenador para procesar bloques de datos sobre los que se está trabajando. Uno de los sistemas más comunes es tener de salvapantallas el "analizador de datos" en cuestión. Como el proyecto SETI@Home, existen otros en multitud de campos de investigación. En el caso de la biología estructural están Folding@Home, Rosetta@Home o TANPAKU y, por supuesto, Fold it!

Volviendo al Fold it!, se trata de un juego tipo puzzle en el que obtendremos más altas puntuaciones cuanto mejor sea el plegamiento de la proteína. Aunque se presente en parte como un juego, es una tarea de investigación. Actualmente, los programas informáticos no son lo suficientemente buenos como para predecir la estructura de las proteínas y las capacidades humanas de reconocimiento adquiridas tras un breve tutorial pueden ayudar a una mejor recreación de los modelos de proteínas.

Por cierto, hay que registrarse para descargarlo (gratis) y se actualiza periódicamente. ¡A plegar se ha dicho!

La canción de la PCR

Una locura de estos de Bio-Rad.

Tema: The PCR song
"Grupo": Scientists for Better PCR



Si quieres descargarte el vídeo, pincha aquí.

Si deseas descargarte la letra, pincha aquí.