Uno de los principales aspectos de la producción biológica de hidrógeno y que puede llegar a ser un problema es que el hidrógeno gaseoso no es puro sino que aparece con diversos contaminantes gaseosos. Para eliminarlos se han propuesto las siguientes soluciones, basadas casi todas en sistemas de burbujeo:
- CO2: puede actuar como extintor e inhibir la combustión. Una solución al 50% de KOH es un buen absorbente.
- O2: a pesar de ser muy poco soluble, su presencia puede ser peligrosa. Una solución alcalina de pirogalol puede ser una buena solución.
- Humedad: aunque para las pilas de combustible es incluso necesaria, su presencia disminuye el poder calorífico de la combustión. Puede eliminarse con desecadores o por refrigeración
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